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### - _ -

- _dcopy() : call_odessa.cc
- _dfill0() : call_odessa.cc
- _initYt() : call_odessa.cc

### - a -

- ad_ode_() : call_odessa.cc

### - c -

- call_odessa() : intODE.cc, call_odessa.cc
- Choldc() : nr.h
- Cholsl() : nr.h
- cmat2fvec() : nr.h
- cmatrix() : nr.h
- computeRight() : dampIt.cc, computeRight.cc, globOpt.cc, fitIt.cc
- condense() : solvLin.cc
- convert_matrix() : nr.h
- cvector() : nr.h

### - d -

- d3tensor() : nr.h
- dampIt() : dampIt.cc, globOpt.cc, fitIt.cc
- dcopy() : intODE.cc
- decondense() : solvLin.cc
- dfill0() : intODE.cc
- dmatrix() : nr.h
- dop_komponente_() : call_odessa.cc
- dvector() : nr.h

### - e -

- e04ncf_() : solvLin.cc

### - f -

- f() : integrateCVODES.cc
- fitIt() : fitIt.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc
- fitness() : globOpt.cc
- free_cmatrix() : nr.h
- free_convert_matrix() : nr.h
- free_cvector() : nr.h
- free_d3tensor() : nr.h
- free_dmatrix() : nr.h
- free_dvector() : nr.h
- free_imatrix() : nr.h
- free_ivector() : nr.h
- free_lvector() : nr.h
- free_matrix() : nr.h
- free_submatrix() : nr.h
- free_vector() : nr.h
- freeMem() : freeMem.cc, simit_mex.cc, simit.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc

### - g -

- gasdev() : nr.h
- get_list() : parseSimit.cc, parse.cc
- globOpt() : globOpt.cc, diffit.cc

### - i -

- imatrix() : nr.h
- initialise() : initialise.cc, simit_mex.cc, simit.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc
- initValuesOK() : initialise.cc
- initYt() : intODE.cc
- integrateCVODES() : integrateCVODES.cc
- integrateRK() : intODE.cc, integrateRK.cc
- intODE() : intODE.cc, dampIt.cc, globOpt.cc, fitIt.cc
- ivector() : nr.h

### - j -

- jac_() : call_odessa.cc

### - l -

- lsei_() : solvLin.cc
- lvector() : nr.h

### - m -

- main() : simit.cc, diffit.cc, createSpline.cc
- matrix() : nr.h
- max() : intODE.cc
- maxTableLen() : intODE.cc
- mexFunction() : simit_mex.cc, diffit_mex.cc, createSpline_mex.cc
- myerr_() : solvLin.cc

### - n -

- Norm() : dampIt.cc
- nrerror() : nr.h

### - o -

- objectiveF() : computeRight.cc
- od_ode_() : call_odessa.cc
- ode_() : call_odessa.cc
- odessa_() : call_odessa.cc
- outFit() : outFit.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc
- outSimit() : outSimit.cc, simit_mex.cc, simit.cc

### - p -

- parseopts() : parseSimit.cc, parse.cc, simit_mex.cc, simit.cc, diffit.cc
- parseTheOpts() : createSpline.cc
- pythag() : nr.h

### - r -

- ran1() : nr.h
- readData() : readData.cc, diffit.cc
- rkck() : nr.h
- rkqs() : nr.h

### - s -

- sensDerivs() : intODE.cc, integrateCVODES.cc
- setInitialValues() : setInitialValues.cc, initialise.cc
- setMesh() : setMesh.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc
- setopte04ncf_() : solvLin.cc
- setupGnuFp() : initialise.cc
- simInit() : simInit.cc, diffit_mex.cc, diffit.cc
- solvLin() : solvLin.cc, dampIt.cc, globOpt.cc, fitIt.cc
- spline() : nr.h
- splines() : nr.h
- splines_gcv() : nr.h
- subIt() : dampIt.cc
- submatrix() : nr.h
- svbksb() : nr.h
- svdcmp() : nr.h

### - t -

- tabulateValues() : simInit.cc, intODE.cc, simit_mex.cc, simit.cc

### - v -

- vector() : nr.h

### - x -

- xerr_() : solvLin.cc